Nordiska sjuårskriget kallas det krig som Sverige 1563–70 förde med Danmark och Lübeck. Orsaken till krigsutbrottet var grannländernas oro över den svenska expansionen i Estland. Nordiska sjuårskriget började 1563 med ett danskt angrepp mot Älvsborg, som erövrades. Krigföringen till sjöss präglades av svenska försök att bryta den dansk-lybska blockaden, vilket lyckades 1564–66. Samtidigt gick man systematiskt in för att ödelägga varandras gränsområden och försvåra större anfall mot det egna landet. De svenska krigsmålen för Sverige var att återta Gotland samt lägga under sig några vid denna tid danska landskap, till exempel Jämtland, Härjedalen, Skåne, Blekinge, Halland och Bohuslän. Hösten 1567 trängde en dansk armé upp till Östergötland, men tvingades retirera i januari 1568. År 1570 slöts i Stettin fred utan landavträdelser. Sverige måste betala 150 000 daler för att återfå Älvsborg. Nordiska sjuårskriget är det mest förödande av alla dansk-svenska krig.
För jämtarna betydde sjuårskriget att Jämtland ockuperades av svenskarna. Man skattlade och militariserade landskapet och den svenske fogden fungerade mer som länsherre än fogde. De jämtar som flydde till Norge 1566 kom främst från de större gårdarna och kan sägas ha tillhört en elit i landskapet. Orsaken var nog främst att man inte ville göra militärtjänst för svenskarna.
Efter fredsuppgörelsen och fram till 1597 gjordes inga större försök från de dansk-norska myndigheterna att knyta landskapet närmare till Norge. Landskapet hade svenska präster. Dock kunde fogden fritt nyttja sin ställning till att berika sig själv. Detta stoppades av herredagen i Trondheim 1597. I perioden fram till 1613 var Jämtland fortfarande löst knutet till Norge, och var vid Kalmarkrigens utbrott en utkant i den dansk-norska konglomeratstaten. En intressant essä om denna period, som drabbade enskilda jämtbönder mycket hårt, finns beskrivet i ”Bare en jordlapp” av Ole Kristian Sandvik.